Además de los Poderes Legislativo, Ejecutivo y Judicial, existen otros organismos que desempeñan funciones gubernamentales de forma independiente. La Constitución otorga a la Corte Constitucional la facultad de pronunciarse sobre la constitucionalidad de las leyes, decidir sobre juicio político a funcionarios de alto nivel y disolver partidos políticos. Este organismo independiente está integrado por tres magistrados nombrados por el jefe de Estado, tres designados por la Asamblea Nacional y tres elegidos por el presidente de la Corte Suprema. A su vez, el presidente de la Corte Constitucional es nombrado por el mandatario nacional con el consentimiento de la Asamblea Nacional. La Comisión Nacional Electoral se encarga de asuntos relacionados con las elecciones y la gestión transparente de los referendos, los partidos y los fondos políticos. Los integrantes de este organismo -elegidos para un periodo de seis años- no pueden afiliarse a un ningún partido ni realizar actividades políticas. El presidente de esta comisión se elige entre los miembros.

La Comisión Nacional de Derechos Humanos garantiza que todas las personas disfruten de un trato digno y respeto mediante la protección y defensa de los derechos más básicos de los seres humanos. Este organismo se estableció en noviembre de 2001 para cumplir el anhelo de defender rigurosamente los derechos humanos que la ciudadanía ha venido atesorado durante la lucha por la democratización. Su autoridad se extiende a las violaciones de derechos humanos y los actos discriminatorios que sufren los extranjeros que residen o desempeñan actividades laborales en el país.